Oczyszczalnia Ścieków we Flantrowie została oddana do użytku w 1995 roku. Od tego czasu oczyszcza ścieki komunalne i przemysłowe pochodzące z terenu Miasta i Gminy Janowiec Wielkopolski. Są to ścieki bytowe wytwarzane w gospodarstwach domowych oraz ścieki przemysłowe z podmiotów gospodarczych znajdujących się na terenie gminy. Oczyszczalnia we Flantrowie jest oczyszczalnią typu biologiczno-mechanicznego o dopuszczalnym przepływie 1707 m3/dobę i 276487 m3/rok.
Na terenie Miasta i Gminy Janowiec zlokalizowanych jest 14 przepompowni z których ścieki surowe spływają do Centralnej Przepompowni, skąd trafiają do sieci technologicznej oczyszczalni. Wpływające ścieki po wstępnym oczyszczeniu na sitopiaskowniku (etap oczyszczania mechanicznego) są podawane pompami znajdującymi się w komorze rozdziału ścieków do komory osadu czynnego. Tam są mieszane z osadem czynnym (etap biologiczny) oraz napowietrzane. Z komory osadu czynnego ścieki przepływają do osadnika wtórnego, gdzie następuje rozdzielenie ścieków oczyszczonych od osadu czynnego. Osad czynny z osadników jest zawracany do komory osadu czynnego. Część osadu w ilości nadmiernej wyprowadzana jest z układu, przechodząc przez zagęszczacz grawitacyjny i pompami kierowana do presy a następnie na poletka osadowe.
W 2008 roku rozpoczęto realizację inwestycji "Modernizacja i rozbudowa istniejącej oczyszczalni ścieków we Flantrowie oraz wymiana urządzeń technologicznych centralnej przepompowni ścieków w Janowcu Wielkopolskim" realizowanej w ramach działania "Podstawowe usługi dla gospodarki i ludności wiejskiej" objętej Programem Rozwoju Obszarów Wiejskich na lata 2007-2013.
Inwestycja została zakończona 30 września 2011 roku i obejmowała m.in. budowę sitopiaskownika służącego do mechanicznego podczyszczania ścieków, komory osadu czynnego, komory pomiarowej, osadnika wtórnego, przepompowni osadów, stanowiska kraty ręcznej, zagęszczacza grawitacyjnego oraz komory rozdziału ścieków.
W wyniku modernizacji moc przerobowa oczyszczalni wzrosła z 673 m3/dobę do 1707 m3/dobę. Ponadto wszystkie przepompownie ścieków działające na terenie miasta i gminy, jak i oczyszczalnia, zostały wyposażone w zintegrowane systemy zdalnego sterowania. W trakcie modernizacji została zainstalowana stacja zlewna, stosowana jako bezobsługowy punkt odbioru ścieków z wozów asenizacyjnych. Zmodernizowany został również zbiornik uśredniający (objętość 44m3, głębokość 2,5m) poprzez zamontowanie urządzeń napowietrzających. Dzięki temu istnieje możliwość odbioru ścieków długo przetrzymywanych w przydomowych szambach, szybko zagniwalnych o podwyższonych parametrach jakościowych w stosunku do ścieków komunalnych. Obecnie Oczyszczalnia składa się niejako z dwóch części: "starej" i "nowej", przy czym dzięki zastosowaniu odpowiednich rozwiązań projektowych i konstrukcyjnych części te mogą pracować wspólnie lub niezależnie od siebie. Część wcześniejsza posiada komorę osadu czynnego - KOC-2 o objętości 530m3 i głębokości 4,2m oraz osadnik wtórny OWT-2 podzielony na komorę A i komorę B o równych objętościach - 107 m3 i głębokości 6m. Natomiast w części nowej znajduje się komorna osadu czynnego KOC-1 podzielona na komorę A i komorę B, każda o objętości 337 m3 i głębokości 4,5m oraz osadnik wtórny OWT-1 o objętości 320m3 i głębokości 4,1m. Pozostałe elementy sieci technologicznej oczyszczalni są wspólne.